烟囱是有机热载体炉不可缺少的设施。烟囱置于有机热载体炉的上部或炉旁，由烟道将油炉体和烟囱相连，他的作用就是排放燃烧废气。一般排放烟气是采用强制通风的方法。强制通风可以提高有机热载体炉的热效率。

因为有机热载体炉烟囱所排放的废气是离开烟囱进入大气，并对大气有污染的一些物质，这些物质可能使人类和动物受到危害，所以国家环保法对此都有规定，特别是对二氧化硫的排放都有限制排放标准。

关于有机热载体炉烟囱的高度，除了按照烟囱的有效截面积、废气排放量、燃料消耗量、烟道的长度、锅炉内部的通风阻力、鼓风机的风压等实际确定其高度外，另外一个应注意的问题是：烟囱一般应高于距离20米之内的最高建筑物1.5米。